Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy

Projekty zrealizowane w Instytucie Ochrony Roślin – PIB finansowane przez
Narodowe Centrum Nauki (NCN) i Ministerstwo Edukacji i Nauki (MEiN)/ Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (MNiSW)

• „Organizacja Konferencji Ochrony Roślin – 64. Sesji Naukowej Instytutu Ochrony Roślin – PIB”;

  Projekt finansowany ze środków budżetu państwa, przyznanych przez Ministra Edukacji i Nauki w ramach Programu „Doskonała Nauka II – wsparcie konferencji naukowych” (2023–2024)

Umowa: KONF/SN/0212/2023/01 z dnia 25.09.2023 r.
Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 143 746,68 zł/223 007,24 zł
Kierownik: dr Agnieszka Klembalska (IOR – PIB)

Cel projektu:
Celem projektu jest organizacja Konferencji Ochrony Roślin – 64. Sesji Naukowej Instytutu Ochrony Roślin – Państwowego Instytutu Badawczego. Planuje się, że będzie to wydarzenie 2-dniowe, odbywające się w terminie 7–8 lutego 2024 roku w Centrum Kongresowym Hotelu IOR w Poznaniu.
  Sesja to wydarzenie cykliczne, odbywające się corocznie od 1961 roku i zrzeszające w tym czasie niemal wszystkie podmioty zainteresowane szeroko pojętą tematyką ochrony roślin (jednostki naukowe, służby ochrony roślin, doradcy, przedsiębiorcy, producenci rolni, szkoły rolnicze). W ramach Konferencji, podstawowe znaczenie dla prawidłowego ukierunkowania rozwoju ochrony roślin w Polsce, a także dla ustalenia programów badawczych i tematyki naukowej zabezpieczającej rozwiązywanie problemów praktyki, ma prezentacja najnowszych tendencji w ochronie roślin i uzyskanych wyników badań oraz przedstawienie potrzeb praktyki ochrony roślin.
  Poprzez ważkość poruszanych tematów badawczych oraz cykliczność organizacji, Konferencja wpisała się na stałe w kalendarz wydarzeń naukowych w Polsce. W programach Sesji zawsze uwzględnia się najważniejsze kierunki badawcze, wynikające z potrzeb krajowych i unijnych oraz zmian zachodzących w rozwoju ochrony roślin. Dorobek naukowy, upowszechnieniowy i organizacyjny Sesji Naukowych (własne Centrum Kongresowe) stanowi potwierdzenie doświadczenia i kompetencji organizatora w realizacji projektu. Zakres wsparcia ograniczono do 3 zadań: zapewnienia oprawy wizualnej, technicznej i gastronomicznej. Swoim zasięgiem wydarzenie obejmuje całą Polskę - zarówno pod względem afiliacji prelegentów jak i uczestników (także tych, oglądających transmisję oraz odbiorców materiałów informacyjnych - obserwatorzy mediów społecznościowych, odwiedzający strony www, czytelnicy wydawnictw oraz słuchacze radiowi i widzowie programów telewizyjnych patronów medialnych, czytelnicy czasopism naukowych Instytutu).

• „Tylko pasożyt czy również wektor? Poszukiwanie nowych nicieni przenoszących nepowirusy – groźne patogeny roślin”; MINIATURA edycja 7 (2023–2024)
  
  Umowa: 2023/07/X/NZ9/00061 
  Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 44 116 zł
  Kierownik: dr Franciszek Kornobis (IOR – PIB)
  
  Cel projektu:
  Poszerzenie wiedzy na temat udziału nicieni z rodziny Longidoridae w przenoszeniu nepowirusów i ich wpływu na epidemiologię wirusów. Cel ten postawiono w oparciu o hipotezę zgodnie z którą znana rola Longidoridae w przenoszeniu wirusów jest istotnie niedoszacowana. Hipoteza ta oparta jest o następujące przesłanki: 1) tylko mniej niż 40 należących do Longidoridae gatunków było testowanych pod kątem ich zdolności do bycia wektorem w sposób metodycznie poprawny; 2) testowane były głównie te występujące w Europie Zachodniej oraz USA, podczas gdy zróżnicowanie geograficzne gatunków jest duże. Dlatego w ramach niniejszego projektu proponujemy test 6 występujących w Polsce gatunków: L. artemisiae, L. distinctus, L. euonymus, L. poessneckensis, P. rex., X. parataylori pod kątem ich zdolności do transmisji 2 gatunków nepowirusów: RRSV oraz TBRV. Nicienie te nie były dotąd sprawdzane jako wektory w sposób merytorycznie poprawny. Z drugiej strony proponowane wirusy mają już znane odpowiednio trzy i dwa gatunki nicieni – wektorów, występowanie kolejnych można zatem uznać za prawdopodobne. Testy przeprowadzone będą zgodnie z dostępną w literaturze metodyką spełniającą zmodyfikowane Postulaty Kocha. Nicienie zostaną naniesione na korzenie rośliny zainfekowanej wirusem, a po 2 tygodniach wyizolowane z gleby i przeniesione na rośliny wolne od wirusa. Po kolejnych 4 tygodniach zostaną przeprowadzone testy na obecność wirusa w roślinach. W doświadczeniu zostaną wykorzystane następujące kontrole: 1) niezainfekowane wirusem rośliny celem weryfikacji czy nie doszło do kontaminacji; 2) przeniesienie wirusa znanymi już gatunkami wektorów tych wirusów (L. elongatus i/lub L. attenuatus), celem sprawdzenia czy za ewentualny brak transmisji odpowiadają inne czynniki czy też badane nicienie rzeczywiście nie są wektorami. Nicienie pozyskane zostaną bezpośrednio z terenu albo z hodowli. Metodyka uwzględnia to, że nicienie mogą być naturalnie zainfekowane wirusem, wówczas będą one najpierw hodowane z jaj, przez które wirusy nie są przenoszone. Testy przeprowadzone zostaną na roślinie Chenopodium quinoa po 5 roślin stanowiących biologiczne powtórzenie, w kontrolowanych warunkach szklarniowych. Eksperyment przeprowadzony zostanie dwukrotnie. Wirusy w roślinach będą wykrywane za pomocą reakcji qRT-PCR. W przypadku uzyskania pozytywnego wyniku zostaną przeprowadzone dodatkowo reakcje RT-PCR, a produkty poddane sekwencjonowaniu. Uzyskane sekwencje zostaną porównane z dostępnymi w Banku Genów w kontekście obecności testowanych gatunków wirusów. Wymiernym efektem realizacji projektu będzie poszerzenie wiedzy z zakresu przenoszenia nepowirusów, ich epidemiologii oraz zależności między patogenem a gospodarzem. 
  
  

• „Rola bakterii związanych ze skrzypionką zbożową w adaptacji ich owadziego gospodarza do stosowanych insektycydów i inhibitorów proteaz”; PRELUDIUM edycja 19 (2021–2024)

Umowa: 2020/37/N/NZ9/02577 
Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 210 760,00 zł
Kierownik: mgr Beata Wielkopolan (IOR – PIB)
 
Cel projektu:
Bakterie zasocjowane z owadami (symbionty) mają ważne znaczenie dla ewolucji owadów i/lub ich nawyków żywieniowych. Mogą uczestniczyć m.in.w : a) oddziaływaniu roślina – owad, b) detoksykacji ksenobiotyków czy w c) rozwoju odporności owadziego gospodarza na insektycyd. Owady mogą również wykorzystywać enzymy pochodzące od mikroorganizmów, aby uniknąć inhibitorów proteaz, syntetyzowanych przez rośliny w odpowiedzi na żerowanie owada. Związek pomiędzy owadem a jego mikrobiomem jest mało poznany dla wielu gatunków owadów, w tym skrzypionki zbożowej (Oulema melanopus, Coleoptera, Chrysomelidae)–ważnego szkodnika zbóż. Zarówno osobniki dorosłe jak i larwy żerując uszkadzają rośliny zbóż. Stosowanie insektycydów z różnych grup chemicznych jest główną metodą kontrolowania populacji skrzypionki zbożowej. Jednak ochrona chemiczna stosowana obecnie i w przyszłości może nie być tak skuteczna jak dawniej. Intensywne i częste stosowanie tych samych organicznych pestycydów może prowadzić do rozwoju odporności owada na insektycydy. Istnieje zatem potrzeba poszukiwania alternatywnych, bardziej przyjaznych dla środowiska metod zwalczania szkodników owadzich. Celem projektu jest: Sprawdzenie stopnia odporności skrzypionki na insektycydy. Oznaczenie symbiontów odpowiedzialnych za rozwój odporności skrzypionki na insektycydy (bakterie rozkładające insektycydy). Analiza zmian społeczności bakteryjnej larw skrzypionek po potraktowaniu insektycydem. Sprawdzenie czy bakterie związane ze skrzypionką biorą udział w adaptacji swojego owadziego gospodarza wobec roślinnych inhibitorów proteaz. Udział bakterii związanych ze skrzypionkami w adaptacji na insektycydy czy inhibitory proteaz jest nieznany. Dlatego zaplanowano następujące zadania, mające na celu zrozumienie roli symbiontów skrzypionek w detoksykacji szkodliwych substancji dla ich owadziego gospodarza. a) Analiza wpływu insektycydu na larwy skrzypionek (z naturalną mikroflorą jelitową lub ze zredukowaną ilością bakterii). Larwy będą traktowane: a) odpowiednią substancją czynną insektycydu, b) tylko antybiotykiem, c) antybiotykiem, następnie substancją czynną insektycydu, d) wodą (kontrola). Zostanie określona przeżywalność owadów. b)Zostanie wykonana identyfikacja bakterii, których wzrost na pożywkach będzie obserwowany po potraktowaniu insektycydem. Dodatkowo, potencjalny rozkład substancji czynnych insektycydu przez wybrane najlepiej rosnące bakterie zostanie oceniony za pomocą analizy GC-i LC-MS/MS (w zależności od substancji czynnej insektycydu). c)Sprawdzenie jak traktowanie insektycydem wpływa na społeczność bakteryjną związaną ze skrzypionkami. Larwy skrzypionek będą traktowane różnymi dawkami wybranych substancji czynnych insektycydu (woda -kontrola). DNA wyizolowany z jelit owadów będzie poddany analizie sekwencji 16SrRNA (z wykorzystaniem NGS) w celu identyfikacji bakterii związanych ze skrzypionkami po potraktowaniu substancją aktywną insektycydu. d) Sprawdzenie, czy skrzypionki wykorzystują enzymy związane z bakteriami,aby uniknąć szkodliwego działania inhibitorów proteaz. Owady zostaną potraktowane antybiotykami (woda-kontrola), następnie wybranymi inhibitorami proteaz. Profil aktywności proteolitycznej zostanie sprawdzony przy użyciu: FITC-casein assay oraz in-gelprotease assay.e). Analiza filogenetyczna i statystyczna uzyskanych wyników. Wyjaśnienie udziału mikroflory owadów w rozkładzie ksenobiotyków, w tym syntetycznych związków organicznych ma bardzo duże znaczenie. Uzyskane w ramach projektu wyniki mogą w przyszłości stanowić podstawę do opracowania nowych metod zwalczania szkodników owadzich,w tym skrzypionek poprzez manipulowanie ich mikroflorą jelitową. Mogą również wpłynąć na redukcję ilości stosowanych insektycydów, zanieczyszczenia środowiska i szkodliwego działania na owady nie będące przedmiotem zwalczania. Proponowane badania mogą mieć istotny wpływ na takie dyscypliny i obszary badawcze jak rolnictwo, entomologia, ochrona roślin i środowiska. 

• „Wpływ satelitarnego RNA kukumowirusów na transmisję wirusa w obrębie rośliny i przenoszenie go przez owady”; PRELUDIUM edycja 15 (2019–2023)
  
  Umowa: 2018/29/N/NZ9/02467
  Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 210 000,00 zł
  Kierownik: mgr inż. Barbara Wrzesińska (IOR – PIB)
  

Cel projektu:
Projekt dotyczy wpływu satelitarnego RNA wirusów karłowatości orzecha ziemnego PSV) i mozaiki ogórka (CMV), którego obecność wpływa na nasilenie objawów infekcji, a także na miano wirusa pomocniczego, co może mieć związek z potranskrypcyjnym wyciszaniem genów (posttranscrptional gene silencing, PTGS), oraz konkurencją pomiędzy wirusem pomocniczym a satRNA o elementy aparatu replikacyjnego komórki roślinnej. Postawione zostały następujące cele badawcze:
– analiza lokalizacji satRNA w obrębie komórki roślinnej z wykorzystaniem metody znakowania RNA opartej o białko płaszcza bakteriofaga MS2,a  następnie obserwacje komórek w mikroskopie konfokalnym;
– synteza agroinfekcyjnych kopii PSV-G i CMV-Fny oraz satRNA w celu wykorzystania ich jako narzędzi do wprowadzenia wirusa do rośliny;
– analiza poziomu akumulacji wirusowych RNA oraz tempa ich transportu długodystansowego do innych części rośliny w różnych warunkach temperaturowych, oraz ocena poziomu akumulacji małych RNA (specyficznych dla wirusa oraz satRNA) w roślinach zainfekowanych PSV lub CMV w obecności lub braku satRNA;
– analiza efektywności transmisji wirusa przez mszyce, ocena poziomu genomowych RNA wirusa w sztylecie mszyc karmionych zainfekowanymi roślinami oraz roślinach poddanych żerowaniu mszyc, a następnie ocena aktywności żerowania mszyc i ich preferencji względem zdrowych oraz zainfekowanych wirusem roślin (w obecności lub braku satRNA).

• „Subwirusowe cząsteczki RNA nepowirusów – mechanizmy ich powstawania i rola w patogenezie”; OPUS edycja 13 (2018–2023)

          Umowa: 2017/25/B/NZ9/01715         
          Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 1 119 000,00 zł
          Kierownik: prof. dr hab. Beata Hasiów-Jaroszewska (IOR – PIB)

Cel projektu:
Wirusom roślin, których genom stanowi RNA towarzyszą często dodatkowe cząsteczki tzw. subwirusowe RNA. Wyróżnia się dwa typy tych cząsteczek: defektywne interferujące RNA (DI RNA) (odpowiednio defektywne RNA jeśli nie wpływają one na replikację wirusa pomocniczego) oraz satelitarne RNA (satRNA). Celem niniejszego projektu jest analiza tworzenia się defektywnych RNA w roślinie w zależności od gatunku gospodarza, ilości pasażowań, gatunku i izolatu wirusa, a także warunków środowiskowych. Prowadzone będą badania nad wpływem D RNA na replikację wirusa pomocniczego oraz poziom jego akumulacji w roślinie. Do badań nad mechanizmami powstawania subwirusowych cząsteczek RNA oraz ich wpływem na replikację wirusa pomocniczego wytypowano dwóch przedstawicieli rodzaju Nepovirus: wirus czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV) (grupa B) oraz wirus wachlarzowatości liści winorośli (Grapevine fanleaf virus, GFLV) (grupa A). Analizowana będzie również zmienność genetyczna i ewolucja molekularna satRNA i D RNA nepowirusów, i wpływ tych cząsteczek na przebieg patogenezy u różnych gatunków gospodarzy. Projekt ma też na celu analizę wpływu obecności D RNA na stopień przenoszenia wirusa pomocniczego przez nasiona wybranych gatunków roślin.

• „Wpływ wybranych regionów/motywów w genomie wirusa czarnej pierścieniowej plamistości pomidora oraz zmiany gospodarzy w trakcie wielokrotnego pasażowania wirusa na powstawanie, strukturę i właściwości defektywnych interferujących cząsteczek RNA”; PRELUDIUM edycja 16 (2019–2022)
  
  Umowa: 2018/31/N/NZ9/02985
  Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 210 000,00 zł
  Kierownik: mgr inż. Daria Budzyńska (IOR – PIB)
  
  Cel projektu:
  Wirus czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV) jest rozpowszechniony na świecie i poraża szeroki zakres roślin gospodarzy. Wcześniejsze badania potwierdziły, że niektórym izolatom wirusa towarzyszą defektywne interferujące cząsteczki RNA (DI RNA). Cząsteczki te pochodzą z genomu wirusa pomocniczego, któremu towarzyszą i mogą obniżać akumulację wirusa w roślinach, co skutkuje osłabieniem obserwowanych symptomów chorobowych. Ze względu na tą unikalną cechę, DI RNA mogłyby być wykorzystywane jako innowacyjne narzędzia do ochrony roślin przed wirusami.

  W ramach projektu zaplanowano badania z wykorzystaniem technik biologii molekularnej, które pozwolą na wprowadzenie określonych mutacji do genomu wirusa, modyfikujących rejony/motywy, które są potencjalnie zaangażowane w proces tworzenia DI RNA. Analizowany będzie wpływ tych zmian na proces powstawania DI RNA, ich struktury oraz sekwencje. Ponadto sprawdzony zostanie wpływ zmiany gospodarza (tzw. host-jumping) na tworzenie DI RNA.

  
  
• „Badanie korelacji pomiędzy występowaniem wirusów zasiedlających rośliny chabra bławatka (Centaurea cyanus L.) a zjawiskiem odporności na herbicydy”; MINIATURA edycja 4 (2020–2021)

Umowa: DEC-2020/04/X/NZ9/01767
Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 49 975 zł
Kierownik: dr hab. Katarzyna Marcinkowska (IOR – PIB)

Cel projektu:
Weryfikacja hipotezy badawczej, że istnieje korelacja między obecnością wirusów zasiedlających (persystentnych) i infekujących chwasty, a odpornością na herbicydy biotypów chabra bławatka (Centaurea cyanus L.).

• „Określenie mechanizmów molekularnych leżących u podstaw procesu chorobowego w Solanum lycopersicum L. podczas infekcji wirusa nekrozy pomidora (ToTV)”; SONATA edycja 11 (2017–2021)

          Umowa: 2016/21/D/NZ9/02478      
          Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 489 875,00 zł
          Kierownik: dr Przemysław Wieczorek (IOR – PIB)

Cel projektu:
Celem projektu jest określenie mechanizmów molekularnych leżących u podstaw wystąpienia objawów chorobowych wywołanych przez wirusa nekrozy pomidora (ToTV) na pomidorze. W związku z tym, w ramach projektu, wykonywane będą zaawansowane badania prowadzone na poziomie molekularnym z wykorzystaniem nowoczesnych technik analitycznych, pomiarowych oraz eksperymentalnych, które poświęcone będą określeniu czynników u S. lycopersicum bezpośrednio związanych z wystąpieniem choroby i nekroz wywoływanych przez ToTV. Opisana będzie zależność pomiędzy ilością wirusa w roślinie i stopniem nasilenia objawów choroby. Następnie, w pomidorach infekowanych ToTV zostanie określona globalna ekspresja ich genów. W kolejnym etapie prac przeprowadzona zostanie porównawcza analiza proteomu pomidora, dzięki czemu wskazane zostaną białka towarzyszące wystąpieniu nekroz na S. lycopersicum. Uzyskane wynik pozwolą zawęzić zakres genów-kandydatów specyficznie aktywowanych w obecności ToTV. Uzyskane wyniki prac prowadzonych w ramach niniejszego projektu w istotny sposób poszerzą wiedzę na temat infekcyjności ToTV oraz procesów komórkowych mających miejsce w pomidorze podczas infekcji ToTV. Opisane zostaną mechanizmy molekularne, ze szczególnym uwzględnieniem genów, warunkujących wystąpienie nekroz na pomidorze.

• „Rola zmienności genetycznej regionu 3'-UTR nici RNA 1 wirusa nekrozy pomidora (Tomato torrado virus) w procesie replikacji i transmisji wirusa”; SONATA edycja 11 (2017–2021)

          Umowa: 2016/21/D/NZ9/02468
          Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 475 375,00 zł
          Kierownik: dr Marta Budziszewska (IOR – PIB)

Cel projektu:
Badania nad genomem wirusa nekrozy pomidora (ToTV) pokazują, że niektóre jego izolaty składają się z puli genomowego RNA1 o zróżnicowanej długości, zaś RNA2 tej samej długości. Obecne w inokulum wirusa warianty RNA1 (5 wariantów) różnią się sekwencją regionu nie ulegającego translacji zlokalizowanego na 3′- końcu (3'-UTR).
Celem naukowym projektu jest określenie wpływu zróżnicowania genetycznego wirusa nekrozy ToTV, wynikającego z obecności delecji w 3'-UTR nici RNA1 na proces jego przenoszenia przez: A) wektor: mączlika szklarniowego, Trialeurodes vaporariorum, czy też B) z jego pominięciem, czyli na drodze mechanicznej inokulacji.
Bezpośrednim zadaniem jest również wskazanie, czy i które z poznanych wariantów delecyjnych są nabywane przez mączlika podczas żerowania na roślinach porażonych wirusem ToTV (roślinach źródłowych)  a następnie, które z nich są przenoszone na kolejne zdrowe rośliny Solanum lycopersicum, jak również, które warianty są przenoszone, a następnie akumulowane w tkankach gospodarza na drodze mechanicznej inokulacji. Dodatkowo założono, że zmienność w obrębie regionu regulatorowego może mieć związek z replikacją wirusa w roślinie gospodarza. W związku z czym celem projektu jest również wskazanie wariantów ulegających najefektywniejszej replikacji w komórkach gospodarza oraz czynników roślinnych oddziałujących z domeną wirusowej RNA polimerazy - RNA zależnej (RdRP), w zależności od wariantu genetycznego regionu 3′-UTR RNA1. 

• „Analiza zmienności genetycznej wirusa mozaiki stokłosy (Brome mosaic virus, BMV) jako czynnika warunkującego zagrożenie fitopatologiczne dla zbóż i traw”; MINIATURA edycja 2 (2019–2020)

Umowa: 2018/02/X/NZ9/02474
Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 49 900,00 zł
Kierownik: dr Katarzyna Trzmiel (IOR – PIB)

Cel projektu:
Celem projektu była charakterystyka molekularna polskiej populacji izolatów wirusa mozaiki stokłosy (BMV) na podstawie pełnej sekwencji nukleotydów genomu. W badaniach wykorzystano technologię sekwencjonowania następnej generacji (next-generation sequencing, NGS). Brakujące fragmenty sekwencji genomu wirusa amplifikowano w kolejnych reakcjach RT-PCR oraz z wykorzystaniem systemu 3’ i 5’ RACE. Efektem tego projektu jest poznanie sekwencji nukleotydów pełnego genomu 12 polskich izolatów BMV. Długość RNA1 wynosiła 3233-35 nt, RNA2 2865-2867 nt, a RNA3 2112-2115 nt. Pierwsze wyniki badań filogenetycznych potwierdziły pewną odrębność i wewnętrzne zróżnicowanie polskich izolatów BMV. Stwierdzono grupowanie się w/w izolatów w dwóch odrębnych klastrach. Uzyskane w ramach tego projektu dane przyczyniają się do poszerzenia wiedzy na temat ewolucji BMV i jego zdolności adaptacji do różnych gospodarzy. Ponadto, zgromadzone wyniki umożliwiają określenie relacji filogenetycznych pomiędzy badanymi i dotychczas opisanymi izolatami tego wirusa.

• „Wpływ bakterii na oddziaływanie roślina-owad w układzie Triticum aestivum ‒ Oulema melanopus”; OPUS edycja 12 (2017–2020)

          Umowa: 2016/23/B/NZ9/03503  
          Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 999 000,00 zł
          Kierownik: dr hab. Aleksandra Obrępalska-Stęplowska (IOR – PIB)

Cel projektu:
Projekt ma na celu zbadanie biologii i mikrobiomu skrzypionki zbożowej (Oulema melanopus, Chrysomelidae, Coleoptera) oraz wpływu bakterii zasocjowanych z tym szkodnikiem na interakcje owad-roślina. Określony będzie końcowy efekt odpowiedzi obronnej rośliny, w zależności od analizowanej odmiany pszenicy oraz obecności bakterii zasocjowanych ze skrzypionką zbożową. Przeprowadzona zostanie globalna analiza odpowiedzi roślin (wytypowanej odmiany) na żerowanie skrzypionek (traktowanych i nietraktowanych antybiotykami) poprzez profilowanie ich transkryptomu. Projekt ma także na celu wyjaśnienie, czy skrzypionka może być rezerwuarem patogenicznych bakterii, które mogą stanowić zagrożenie dla roślin, takich jak Pantoea ananatis.

• „Infekcyjne kopie wirusa czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV) sprzężone z białkiem zielonej fluorescencji (GFP) narzędziem do analiz oddziaływań między wirusem a gospodarzem”; PRELUDIUM edycja 12 (2017–2020)

          Umowa: 2016/23/N/NZ9/02160
           Wartość dofinansowania/całkowity koszt projektu: 150 000,00 zł
          Kierownik: dr Aleksandra Zarzyńska-Nowak (IOR – PIB)

Cel projektu:
Ciągły rozwój technik molekularnych umożliwia poznawanie swoistych oddziaływań między wirusem a gospodarzem co jest istotne w kontekście opracowywania nowych strategii ochrony roślin. Jednym z wirusów porażających szeroki zakres roślin gospodarczo ważnych jest wirus czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV). Celem projektu jest skonstruowanie infekcyjnych kopii TBRV z wbudowanym białkiem zielonej fluorescencji (ang. green-fluorescence protein, GFP), dla trzech różniących się biologicznie izolatów wirusa oraz uzyskanie kopii małych cząsteczek RNA (zwanych defektywnymi interferującymi RNA, DI RNA), których obecność w roślinie ma wpływ na zmniejszenie intensywności objawów chorobowych oraz ograniczanie gromadzenia się wirusa w tkankach roślinnych. Niewiele wiadomo o mechanizmach interakcji DI RNA z wirusem pomocniczym, w związku z tym dzięki otrzymanym konstruktom możliwa będzie głębsza analiza wpływu tej cząsteczki na namnażanie się wirusa, ekspresję genów oraz przebieg patogenezy. Realizacja zadań w ramach projektu jest punktem wyjścia do dalszych badań nad oddziaływaniami pomiędzy wirusem a gospodarzem oraz elementem zakrojonych na szeroką skalę badań prowadzonych przez pracowników Zakładu Wirusologii i Bakteriologii IOR-PIB nad opracowaniem innowacyjnych metod ochrony roślin.

• „Analiza genetyczna odporności na Plasmodiophora brassicae Wor. u rzepaku (Brassica napus L.) z wykorzystaniem wysoko-przepustowych technologii sekwencjonowania i mapowania”; HARMONIA edycja 8 (2017–2020)

          Umowa: 2016/22/M/NZ9/00604
          Wartość dofinansowania dla IOR – PIB: 126 939,00 zł
          Kierownik: prof. dr hab. Wojciech Maciej Karłowski (UAM)

Cel projektu:
Celem pracy było ulepszanie genotypu ważnego gospodarczo gatunku uprawnego jakim jest rzepak ozimy w zakresie podnoszenia jego odporności na stres biotyczny, jakim jest porażenie rzepaku przez pierwotniaka - Plasmodiophora brassicae.  W ostatnich latach porażenie przez P. brassicae powoduje znaczne straty w uprawie rzepaku ozimego, nawet do 50%. Dotąd, najskuteczniejszą metodą zapobiegania porażeniom jest uprawa gatunków odpornych, ponieważ nie ma efektywnych metod ochrony chemicznej. W Spółce HR Strzelce - Grupa IHAR,w Oddziale Borowo, w wyniku skrzyżowania odmiany ‘Tosca’ odpornej na kiłę kapusty z podwójnie ulepszoną linią hodowlaną rzepaku ozimego podatną, wytworzono populację mapującą pod względem tej cechy i obejmującą 300 linii podwojonych haploidów (DH). W projekcie podjęto prace nad charakterystyką podstaw genetycznych odporności rzepaku ozimego na porażenie przez P. brassicae w otrzymanych liniach DH poprzez integrację tradycyjnego podejścia genetycznego z nowymi wysoko-przepustowymi technologiami nowej generacji (ang. next-generation, NG).  Został zbadany polimorfizm genetyczny w obrębie segregujących linii DH z zastosowaniem mikromacierzy SNP (60K Brassica SNP array) oraz zidentyfikowane polimorfizmy jednonukleotydowe, SNP, zasocjowane z genotypem odpornym lub podatnym. Zidentyfikowane rejony genomowe były analizowane bardziej szczegółowo poprzez połączenie technologii NG, włączając ‘mapowanie poprzez sekwencjonowanie’ (ang. mapping-by-sequencing) oraz analizę transkryptomu metodą RNA-seq wykonaną na dwóch liniach DH o cechach skrajnych – odpornej i nieodpornej, wybranych z populacji mapującej na podstawie analizy fenotypu – testy odpornościowe. Otrzymane wyniki będą stanowiły podstawę dla dalszych badań fizjologicznych, biochemicznych i genetycznych roślin w warunkach stresu infekcji patogenem, w celu poznania istotnych mechanizmów odporności.  

• „Opracowanie metod analizy alkaloidów pirolizydynowych do oceny skażenia żywności i wpływu na zdrowie ludzi i zwierząt”; MINIATURA edycja 2 (2018–2019)

          Umowa: 2018/02/X/NZ9/02352
          Kierownik: dr hab. Piotr Kaczyński (IOR – PIB)

• „Identyfikacja determinant warunkujących patogeniczność kwarantannowego nicienia Bursaphelenchus xylophilus za pomocą sekwencjonowania następnej generacji (NGS)”; MINIATURA edycja 1 (2018–2019)

          Umowa: 2017/01/X/NZ9/01708
          Kierownik: dr Anna Filipiak (IOR – PIB)

• „Systemiczna odporność nabyta (Systemic Acquired Resistance, SAR) roślin przeciwko wirusom: nowe induktory oraz biologiczna i molekularna charakterystyka mechanizmów ich działania”; OPUS edycja 9 (2016–2019)

          Umowa: 2015/17/B/NZ9/01676
          Kierownik: prof. dr hab. Henryk Pospieszny (IOR – PIB)

• „Dynamika ewolucyjna wirusa czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV) i jego adaptacja do różnych gospodarzy”; OPUS edycja 9 (2016–2019)

          Umowa: 2015/17/B/NZ8/02407
          Kierownik: dr hab. Beata Hasiów-Jaroszewska (IOR – PIB)

• „Wpływ satelitarnych i wirusowych RNA na regulację ekspresji genów i modyfikacje potranslacyjne u Nicotiana benthamiana”; OPUS edycja 7 (2015–2019)

          Umowa: 2014/13/B/NZ9/02002
          Kierownik: dr hab. Aleksandra Obrępalska-Stęplowska (IOR – PIB)

• „Identyfikacja białek i reakcji obronnych indukowanych w kukurydzy (Zea mays) w wyniku infekcji nicieniem Meloidogyne arenaria”; PRELUDIUM edycja 7 (2015–2019)

          Umowa: 2014/13/N/NZ9/00703
          Kierownik: mgr inż. Arnika Przybylska (IOR – PIB)

• „Analiza molekularna nowych, nekrotycznych izolatów wirusa mozaiki ogórka i presji selekcyjnej kształtującej populację wirusa”; OPUS edycja 7 (2015–2018)

          Umowa: 2014/13/B/NZ9/02108
          Kierownik: dr hab. Natasza Borodynko-Filas (IOR – PIB)

• „RNA kontra RNA – różne strategie w ochronie roślin przed wirusami”; Iuventus Plus konkurs 73 (2015–2017)

          Umowa: IP 2014 014973
          Kierownik: dr hab. Beata Hasiów-Jaroszewska (IOR – PIB)

• „Przenoszenie wirusa czarnej pierścieniowej plamistości pomidora (Tomato black ring virus, TBRV) przez nasiona pomidora, w aspekcie wpływu właściwości genetycznych izolatów wirusa i odmian pomidora na to zjawisko”; OPUS edycja 6 (2014–2018)

          Umowa: 2013/11/B/NZ9/02510
          Kierownik: prof. dr hab. Henryk Pospieszny (IOR – PIB)

• „Występowanie i charakterystyka fitoplazm na wybranych roślinach rolniczych”; ETIUDA edycja 4 (2016–2017)

          Umowa: 2016/20/T/NZ9/00571
          Kierownik: mgr Agnieszka Zwolińska (IOR – PIB)

• „Zróżnicowanie biologiczne i genetyczne polskich izolatów wirusa Y ziemniaka z pomidora oraz analiza presji selekcyjnej kształtującej populację wirusa”; PRELUDIUM edycja 4 (2013–2017)

          Umowa: N/NZ9/01751
          Kierownik: dr Julia Minicka (IOR – PIB)

• „Ocena ryzyka narażenia zdrowia konsumentów na pozostałości pestycydów w żywności poddanej obróbce technologicznej”; PRELUDIUM edycja 4 (2013–2016)

          Umowa: N/NZ9/00043
          Kierownik: dr Magdalena Jankowska (IOR – PIB)

• „Badanie interakcji roślina-wirus-satelitarny RNA w układzie Nicotiana benthamiana – wirus karłowatości orzecha ziemnego (PSV) i jego satRNA”; OPUS edycja 2 (2012–2016)

          Umowa: B/NZ9/01577
          Kierownik: dr hab. Aleksandra Obrępalska-Stęplowska (IOR – PIB)

• „Identyfikacja substytucji nukleotydowych warunkujących nowy, chlorotyczny patotyp wirusa mozaiki pepino (Pepino mosaic virus)”; Iuventus Plus konkurs 71 (2012–2014)

          Umowa: IP 2011 017171
          Kierownik: dr hab. Beata Hasiów-Jaroszewska (IOR – PIB)

• „Analiza wirulencji wirusa nekrozy pomidora ToTV oraz wstępna charakterystyka molekularnych podstaw odporności pomidora (Solanum lycopersicum) na atak tego patogenu”; (2011–2015)

          Umowa: NN 310782040
          Kierownik: dr Marta Budziszewska (IOR – PIB)

• „Poszukiwania czynników wirulencji oraz supresorów PTGS kodowanych przez wirusa nekrozy pomidora (ToTV)”; (2011–2015)

          Umowa: N/NZ9/07131
          Kierownik: dr Przemysław Wieczorek (IOR – PIB)

• „Badania nad poznaniem mechanizmu obronnego pszenicy (Triticum aestivum) w odpowiedzi na żerowanie Ulema spp. – szkodników zbóż"; (2012–2015)

          Umowa: B/NZ9/01598
          Kierownik: dr hab. Aleksandra Obrępalska-Stęplowska (IOR – PIB)

• „Molekularna ewolucja wirusa mozaiki pepino (Pepino mosaic virus) i jej wpływ na wirulencję wirusa”; (2011–2014)

          Umowa: D/NZ9/00279
          Kierownik: dr hab. Beata Hasiów-Jaroszewska (IOR – PIB)

• „Mikromacierz do detekcji, identyfikacji i różnicowania bakterii i wirusów patogenicznych dla roślin kukurydzy”; (2011–2014)

          Umowa: N/NZ9/07091
          Kierownik: dr Krzysztof Krawczyk (IOR – PIB)

• „Synteza i ocena skuteczności działania nowych cieczy jonowych z herbicydem w anionie”; (2011–2014)

          Umowa: NN 310784040
          Kierownik: prof. dr hab. Tadeusz Praczyk (IOR – PIB)

• „Występowanie i charakterystyka wirusów żółtej mozaiki jęczmienia, Barley yellow mosaic virus (BaYMV) i Barley mild mosaic virus (BaMMV) oraz ocena odporności odmian jęczmienia ozimego”; (2011–2014)

          Umowa: NN 310724840
          Kierownik: dr hab. Małgorzata Jeżewska (IOR – PIB)

• „Zróżnicowanie genetyczne populacji stonki ziemniaczanej (Leptinotarsa decemlineata Say) na terenie Polski”; (2011–2014)

          Umowa: NN 310728240
          Kierownik: prof. dr hab. Jan Nawrot (IOR – PIB)

• „Opracowanie podstaw ekologicznych metod ochrony przed chorobami i szkodnikami rzepaku ozimego”; (2011–2014)

          Umowa: NN 310779640
          Kierownik: dr hab. Jolanta Kowalska (IOR – PIB)

• „Badanie kinetyki utleniania SO₂ do SO₃ na katalizatorach wanadowych wytworzonych ze składników odzyskanych ze zużytych mas wanadowych”; (2011–2014)

          Umowa: NN 209759840
          Kierownik: dr Rafał Motała (IOR – PIB)