W latach 2006–2010 Instytut realizował Program Wieloletni ustanowiony przez Radę Ministrów Uchwałą nr 260/2005 z dnia 5 października 2005 roku pt.: „Ochrona roślin uprawnych z uwzględnieniem bezpieczeństwa żywności oraz ograniczenia strat w plonach i zagrożeń dla zdrowia ludzi, zwierząt domowych i środowiska”. Zadania wchodzące w skład programu wynikały z obowiązków, jakie przyjęła na siebie Polska po przystąpieniu do Unii Europejskiej oraz będąc członkiem międzynarodowych organizacji. Miały one na celu wsparcie działalności jednostek rządowych, głównie Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa. Były też podstawą do podejmowania działań mających na celu:
Opracowany Program Wieloletni pełnił równolegle kilka funkcji:
Program Wieloletni został podzielony na cztery grupy zadań odpowiadających dyrektywom Unii Europejskiej i polskiej Ustawie o ochronie roślin. Zadania wynikały z obowiązków polskiego rolnictwa w zakresie racjonalnego stosowania środków ochrony roślin w rolnictwie i przepisów kwarantannowych, a jednocześnie wychodziły naprzeciw potrzebom produkcji bezpiecznej żywności i ochrony środowiska naturalnego w Polsce.
Wykaz obszarów i zadań Programu Wieloletniego
Obszar I.
1. Ochrona terenu kraju przed przedostawaniem i rozprzestrzenianiem się organizmów kwarantannowych i innych stanowiących szczególne zagrożenia.
1.1. Ocena przydatności dostępnych metod do identyfikacji taksonomicznej kwarantannowego nicienia węgorka sosnowca (Bursaphelenchus xylophilus).
1.2. Opra